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中国科学院生物物理所云讲座“RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions”

发布时间:2020年04月30日

  2020年4月27日,由中国科学院生物物理研究所发起的第一期云讲座成功举办。云讲座邀请到了核酸生物学院重点实验室的薛愿超研究员,报告题目为“RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions”,所内外约200人在线听取了报告。这期云讲座也开启了疫情期间所内视频学术会议的序幕。

  在本次报告中,薛愿超研究员介绍了RNA结构以及作用靶标鉴定在理解非编码RNA功能机制中的重要性,回顾了现有RNA结构和靶标的高通量检测方法,并指出了这些方法的主要缺陷。针对这些缺陷,薛愿超课题组开发了一种名为RIC-seq的新技术,该技术能够在保持细胞完整的前提下一次性捕获所有直接的RNA-RNA配对或者由蛋白质介导的间接RNA-RNA近距离相互作用。根据这些空间相互作用数据,不仅可以重构RNA的高级结构,而且可以全景式的鉴定非编码RNA的作用靶标。

  在评估完RIC-seq新技术的可重复性、分辨率和随机连接概率后,薛愿超研究员进一步介绍了RIC-seq技术在捕获多种类型非编码RNA的二级结构和作用靶标上的准确度和灵敏度。此外,RIC-seq技术的独特之处在于可以准确的鉴定RNA的三级结构和空间相互作用。当然,该新技术也揭示了一系列RNA的原位空间作用规律和新特征。

  在应用方面,薛愿超研究员介绍利用RIC-seq数据可以准确地解析增强子-启动子的对应调控关系,并可刻画全基因组范围内的增强子-启动子调控网络。针对其中一个增强子非编码RNA CCAT1-5L,薛愿超研究员深入探讨了CCAT1-5L结合hnRNPK蛋白,借助与MYC基因启动子及增强子RNA(即PVT1)之间的相互作用,调控染色质结构进而激活MYC基因转录的详细分子机制。

  最后,薛愿超研究员总结道RIC-seq数据既能够检测RNA的高级结构,也能够用于准确鉴定各种非编码RNA的作用靶标,期望能够促进非编码RNA结构及功能相关研究领域的发展。

  薛愿超研究员的报告内容丰富生动,逻辑思维严谨清晰,给大家留下了深刻的印象。报告结束后,大家就各自感兴趣的问题踊跃提问,薛愿超研究员耐心地一一作答。最后,我们了解到RIC-seq技术的研究工作即将正式发表,在此热烈祝贺,并感谢薛老师带来的精彩报告!

 

  (供稿:薛愿超研究组)

 

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